По состоянию на 31 декабря 2016 года в музее археологии и краеведения г. Дубны хранится 3013 предметов основного фонда и 1148 предметов научно-вспомогательного фонда. Они разделены на следующие основные коллекции:

«Археология» – самая большая коллекция по численности экспонатов. Предметы этой коллекции охватывают огромный временной период: от средне-каменного века (мезолит) до поздне-русского времени (XVII-XVIII вв.). Одними из самых ярких являются предметы, найденные на территориях древнерусского города Дубна, Пекуновского селища и селища Подберезье. Многие археологические артефакты, хранящиеся в музее, происходят с территорий несохранившихся археологических объектов, уничтоженных в результате размывов речных берегов и строительной деятельности человека. По состоянию на 31 декабря 2016 года, коллекция включает 1844 предмета основного фонда и 907 предметов научно-вспомогательного фонда.

«Нумизматика» – коллекция состоит из монет и жетонов, найденных на берегах рек Волги и Дубны. Самые древние из них – так называемые куфические дирхемы и западно-европейские денарии, самые поздние – монеты из клада, спрятанного в 1916 году на чердаке одного из деревянных домов по ул. Ратмино. Предметы этой коллекции отражают денежное обращение нашего региона на протяжении последней тысячи лет. По состоянию на 31 декабря 2016 года коллекция включает 199 предметов основного фонда.

«Керамика» – глиняные игрушки, посуда, кувшины, горшки, рукомойники, рыболовные снасти, печные изразцы и другие предметы составляют эту коллекцию. Она является важной составляющей общей музейной коллекции крестьянского и купеческого быта.

«Дерево» – мебель и предметы интерьера, предметы обихода и промыслов – немые свидетели ушедшего безвозвратно быта людей, живших со второй половины ХIХ века до первой половины ХХ века в провинциальных волжских городах и деревнях.

«Ткань» – платья женские и костюмы мужские, военная и гражданская форма, домотканые полотенца – рушники, вышивка являются образцами моды, бытовавшей на протяжении последних 150 лет в нашем регионе.

«Металл» – бытовые предметы, наградные знаки, предметы военного и охотничьего снаряжения, измерительные приборы, авиационное кресло – катапульта, «черные» ящики (бортовые самописцы) и другие предметы являются одной из самых больших и ярких коллекций музея.

«Живопись» – ценность многих картин, вошедших в данную коллекцию, в том, что они создавались старейшими художниками г. Дубны. Один из них — Ю.И. Сосин, «шестидесятник» и основатель дубненской художественной школы. Написанные его рукой городские пейзажи, воспевающие неповторимую красоту нашего города, а также портреты заслуженных людей города – одни из самых интересных экспонатов данной коллекции. По состоянию на 31 декабря 2016 год она включает 17 предметов основного фонда.

«Редкая книга» – школьные учебники ХIХ – начала ХХ века занимают достойное место в экспозиции, рассказывающей о становлении школьного образования в селе Дубна. Церковная служебная книга является экспонатом раздела музейной экспозиции, рассказывающего о строительстве в селе Дубна деревянных и каменного храмов. По состоянию на 31 декабря 2016 года коллекция включает 5 предметов основного фонда.

«Фотографии, открытки» – исторические фотографии жителей и учреждений нашего города и края, а также почтовые карточки с видами реки Волги. Относятся к двум периодам: концу ХIХ – началу ХХ века и ко второй половине ХХ века.

«Скульптура» — коллекция включает бюсты известных людей и макеты монументальных памятников г. Дубны. По состоянию на 31 декабря 2016 года включает 5 предметов основного фонда.

Коллекции музея археологии и краеведения города Дубны имеют большую историческую и культурную ценность для нашего города и региона.

Описание коллекций составили Е.В. Чертовских и В.Н. Гусева.